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국세청 24년 조사국 출신 / 상속 증여 양도 자금출처 법인조사 기장대리
대법원 2025.7.3. 판결: 면세사업자로 잘못 정정신고해도 매입세액 공제 가능 본문
대법원 2025.7.3. 판결: 면세사업자로 잘못 정정신고해도 매입세액 공제 가능
국세청24년조사국출신/상속증여양도자금출처법인조사기장대리 2025. 8. 24. 09:10

부가가치세제에서 사업자등록은 단순한 형식이 아니라 납세자의 권리·의무에 직접적인 영향을 미칩니다. 특히 과세사업자와 면세사업자의 구분은 매입세액 공제 여부와 직결됩니다.
최근 대법원은(2025.7.3. 선고 2022두33637) “과세사업자로 등록한 납세자가 실수로 면세사업자로 잘못 정정신고를 하였더라도, 여전히 과세사업자로서 매입세액 공제를 받을 수 있다”고 판결했습니다.
1. 사건 개요
한 지방공사가 집단에너지 공급업무를 수행하면서, 처음에는 면세사업자로 등록했습니다. 이후 과세사업자로 정정신고를 했으나, 다시 착오로 면세사업자로 정정신고를 제출했습니다.
세무서는 “이 기간 동안은 면세사업자였으므로 매입세액은 공제 불가”라며 추징했지만, 대법원은 이를 뒤집었습니다.

2. 대법원의 판단 요지
* 면세 → 과세 정정신고: 효력이 인정됨. 시행령 제7조 제8항에 근거하여 과세사업자로서 등록된 것으로 봐야 함.
* 과세 → 면세 정정신고: 효력이 없음. 단순한 잘못 신고에 불과하며, 이미 과세사업자로 등록한 지위가 유지됨.
☞ 따라서 납세자는 해당 기간 동안 발생한 매입세액을 여전히 공제 가능합니다.
3. 판결의 의미
이번 판결은 세무행정의 원칙을 분명히 했습니다.
① 사업자등록은 납세자 권리 보호를 위한 제도이며, 단순 형식적 오류로 불이익을 줘서는 안 된다.
② 납세자가 실제로 과세사업을 영위하고 있었다면, 정정신고 착오가 있어도 과세사업자의 지위는 유지된다.
③ 매입세액 공제 불허는 엄격히 제한해야 한다.
4. 실무적 시사점
* 사업자가 과세·면세 여부를 잘못 신고했더라도 실제 영업 형태와 본질이 중요하다.
* 세무 대리인이나 납세자는 정정신고 시 과세관청의 수리 여부에 지나치게 의존하지 말고, 실질적으로 어떤 사업을 영위하고 있는지에 따라 판단해야 한다.
* 이번 판례는 납세자의 권리를 두텁게 보호한 사례로, 추후 유사 사건에서 중요한 기준이 될 것이다.
5. 결론
대법원은 납세자가 과세사업자로 등록한 이상, 잘못된 정정신고가 있더라도 과세사업자의 효력은 유지된다고 보았습니다. 이로써 납세자는 매입세액 공제를 받을 수 있으며, 이는 납세자 권리 보장의 관점에서 중요한 진전이라 할 수 있습니다.

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