화재로 건물 철거·신축 후 양도, 이전 건물은 신축건물 필요경비 ‘불산입’

공장건물을 상당기간 임대하던 자가 화재 등 재해로 건물이 멸실되더라도 곧바로 건물을 신축해 토지와 양도하면 이전 건물 장부가액은 신축건물 필요경비에 포함하지 않는다는 감사원 결정이 내려졌다.
`04년 6월 경기도 소재 공장용지(쟁점토지)와 공장건물(쟁점구건물, 쟁점토지와 합해 쟁점구부동산)을 약 11억 원에 취득해 임대하던 김 씨. `19년 8월 불의의 화재로 공장건물이 무너지자 `20년 1월 이를 멸실등기 후 약 27억 원을 들여 건물 A와 B를 신축한 후 `20년 9월 건물 A와 공장용지 1/2을(쟁점부동산 A) 약 29억 원, `21년 1월 건물 B와 나머지 토지(쟁점부동산 B)를 약 30억 원에 양도한다.
이후 김 씨는 건물 A와 토지 절반에 대한 양도가액을 매매계약서상 금액인 약 29억 원(건물 B 관련 30억 원), 취득가액은 쟁점구부동산 장부가액 1/2에 해당하는 약 5억 원과 건물 A 신축비 약 13억 원을 합한 약 19억 원(쟁점부동산 B 관련 19억 원)으로 해 양도소득세 총 약 6억 원을 납부했다.
그러나 처분청은 쟁점부동산 A 관련 양도소득세 조사를 시행하던 중 공장건물 장부가액은 필요경비에서 제외된다는 사유로 8200만 원을 부인하고, 9월 김 씨가 제기한 과세전적부심사를 통해 공장건물을 취득하면서 필요경비로 인정되는 임대보증금 승계액 약 4500만 원을 합쳐 `21년 11월 추가 양도소득세 약 1700만 원을 부과·고지한다.
억울함을 느낀 김 씨는 쟁점부동산 A와 B 양도소득세 계산 시 화재로 인해 멸실된 공장건물 장부가액은 건물 A와 B 필요경비에 포함하고, 공장용지는 취득가액이 불분명한 것으로 여겨 환산취득가액을 적용해야 한다는 취지로 양도소득세 약 2억원을 환급해 줄 것을 요구한다.
하지만 처분청은 `22년 1월 공장건물을 상당기간 임대하다가 화재로 멸실된 후 건물 A와 B를 신축해 공장용지와 함께 양도하면 공장건물 장부가액은 쟁점부동산 양도소득과 직접 대응하는 경비에 해당하지 않고, 공장용지는 취득 당시 실거래액이 확인되므로 환산취득가액을 적용할 수 없다며 경정청구를 거부하게 된다.
김 씨는 “공장건물이 화재로 멸실된 후 건물 A를 신축한 즉시 양도함에 따라 예전건물 장부가액(1/2 해당액)은 필요경비로 인정되는 건물 A 자본지출에 해당한다”며 처분청 거부처분이 부당하다고 주장했다.
또 “부동산 실거래가 신고제도가 시행(`06년 1월)되기 전 기준시가로 양도소득세를 신고하도록 규정했다”며 “취득일이 `04년도인 공장용지는 환산취득가액을 취득가액으로 적용해야 한다”고 밝혔다.
아울러 공장용지 취득가액을 환산취득가액으로 할 수 없다면 취득 당시 지닌 메모장에 매수인에게 지급한 것으로 기재된 약 15억 원이 있다”며 “이를 실거래가액으로 인정해야 하기에 이 사건 거부처분은 부당하다”고 주장했다.
반면 처분청은 “공장건물과 용지를 취득한 후 장기간 임대하다가 화재로 인해 공장건물 일부다 소실되자 이를 철거하고 건물 A를 신축해 토지 절반과 함께 양도하면 공장건물 장부가액(1/2 해당액)은 필요경비에 해당한다고 보기 어렵다”며 거부처분은 정당하다고 반박했다.
또 “현행 ‘소득세법 제97조 제1항 제1호’에 따르면 취득가액은 실지거래가액을 적용하는 것이 원칙”이라며 “실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정해 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차적으로 적용할 수 있어 매매계약서상 쟁점구부동산 매매대금 약 11억 원, 임대보증금 승계액 약 1억 2000만 원이 실지거래가액으로 확인된다”고 덧붙였다.
양측 주장이 팽팽하게 맞선 가운데 감사원은 처분청 손을 들어줬다.
감사원은 “우선 화재로 소실된 공장건물 장부가액(1/2 해당액)이 건물 A 자본적 지출에 해당하는지 살펴보겠다”며 “현행 소득세법 제97조 제1항, 소득세법 시행령 제67조 제2항, 제163조 제3항에 따르면 양도가액에서 공제할 필요경비에 자본적 지출이 포함되고 자본적 지출은 사업자가 소유하는 감가상각자산 내용연수를 연장하거나 해당 자산 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비로 재해 등으로 인해 건물이나 기계, 설비 등이 멸실 또는 훼손돼 본래 용도로의 이용 가치가 없는 것의 복구도 수선비에 포함하게 되어 있다”고 설명했다.
감사원은 “토지와 그 지상건물을 함께 취득했다가 토지만을 이용하기 위해 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하면 취득 후 단시일 내 건물 철거에 착수하는 등 토지와 건물 취득이 애당초 건물을 철거해 토지만을 이용하려는 목적이 명백한 것으로 인정될 때 철거된 건물 취득가액과 철거비용 등을 토지 취득가액에 포함되는 양도자산 필요경비로 산입할 수 있는 것”이라고 밝혔다.
또 “토지 취득 후 구건물을 신축해 상당기간 사용하다가 이를 철거한 다음 신건물을 신축하였으므로 구건물 취득가액은 양도자산인 신건물 필요경비에 산입할 수 없다”며 “구건물 공사비는 구건물 취득가액 또는 자본적 지출액이므로 신건물 양도가액에서 공제할 필요경비에는 산입할 수 없다”고 덧붙였다.
감사원은 “이러한 점 등을 비춰볼 때 화재로 소실된 공장건물 장부가액(1/2 해당액)이 건물 A 자본적 지출에 해당하는지 살피면 우선 공장용지에 공장건물 있는 상태에서 이를 철거하고 토지만 이용하려는 것이 아닌 15년 정도 부동산임대업으로 사용하다 화재로 이를 철거한 다음 건물 A를 신축해 양도한 점, 공장건물은 소실됐을 뿐 복구한 게 아니고 신축해 양도했으므로 공장건물 장부가액(1/2 해당액)은 건물 A 자본적 지출액으로 볼 수 없다”고 설명했다.
실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 여겨 공장용지 취득가액을 환산취득가액으로 적용할 수 있는지에 대해서는 “현행 소득세법 제97조 제1항에 따르면 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에만 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액으로 할 수 있다”고 밝혔다.
또 “양도소득세 과세처분 취소소송에서 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있어 수입 및 필요경비 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있으나 그 입증이 곤란한 경우나 당사자 간 형평을 고려해 납세의무자에게 입증 필요성을 인정하는 것이 오히려 공평 관념에 부합한다”고 덧붙였다.
감사원은 “공장용지 실지거래가액을 확인할 수 있는 매매계약서가 존재하고 이를 토대로 김 씨가 실지거래가액으로 양도소득세를 예정신고·납부한 점, 공장건물과 공장용지를 일괄 취득한 매매계약서에 기초해 공장건물에 실지거래가액을 적용해 경정청구한 점도 확인된다”고 설명했다.
감사원은 “김 씨는 부동산 실거래가 신고제도가 시행되기 전 기준시가로 양도소득세를 신고하도록 규정되어 있어 취득일이 `04년도인 공장용지는 환산취득가액으로 취득가액을 적용해야 한다고 주장하나 소득세법령에서 부동산 실거래가 신고제도 시행(`06년 초) 전 기준시가에 근거에 취득가액을 산정하도록 규정되어 있지 않다”고 밝혔다.
아울러 “김 씨는 메모장에 기재된 약 15억 원을 공장건물과 용지 취득가액으로 인정해야 한다고 주장하나 작성자, 작성일도 불분명한 메모장이 김 씨 주장을 뒷받침하는 객관적인 자료로 보기 어렵다”고 밝혔다.
감사원은 “이러한 점 등을 고려할 때 처분청이 공장용지 취득가액을 실지거래가액으로 산정한 이 사건 거부처분은 정당하다”며 “결국 김 씨 주장은 이유가 없고 처분청이 김 씨에게 한 거부처분은 정당하다”며 심사청구를 기각했다. (2022-심사-167)
출처 : 세정일보 김승현기자
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